Clarkson sinh ra tại Doncaster, South Yorkshire, Anh, là con của người bán hàng Edward Grenville "Eddie" Clarkson và giáo viên Shirley Gabrielle Ward.[6] Họ gửi Clarkson theo học một số trường tư mà không nghĩ rằng họ sẽ phải trả tiền học phí rất cao. Tuy vậy, việc làm ăn thuật lợi đã giúp họ có đủ tiền để trả học phí cho Clarkson theo học Hill House School, Doncaster và sau đó là Trường Repton.[7] Theo như sổ sách thì ông đã bị đuổi khỏi Trường Repton vì "uống đồ uống không cho phép, hút thuốc và nói chung đã gây nhiều thiệt hại và phiền toái".[8]

Clarkson là người hâm mộ lớn của nhóm nhạc rock Genesis và đã tham gia buổi hòa nhạc của họ vào năm 2007.